TEST COVID-19 : COMMENT ÇA MARCHE ?

Pour réaliser un test de dépistage de la Covid-19, ils grattent au fond des fosses nasales alors que l’on nous répète tous les jours qu’il suffit de parler à moins d’un mètre d’une personne pour risquer de la contaminer. Pourquoi ne pas se contenter de prélever un peu de salive ?

En quoi consiste le test de dépistage de la Covid-19, et pour commencer, pourquoi fait-on le dans le nez ?

C’est à cet endroit que se trouve le virus en grande quantité lorsqu’il y a une infection. C’est le cas des virus qui contaminent généralement les voies respiratoires comme le virus de la grippe par exemple, et c’est d’ailleurs pour cela que les symptômes sont la toux ou le mal de gorge. On peut bien sur retrouver le virus dans la bouche et donc dans la salive, mais on a plus de chances de l’avoir par le nasopharynx. Si on le cherche dans la bouche, on risque d’avoir un faux négatif, c’est-à-dire un test négatif alors que la personne est vraiment infectée.

Une fois qu’on a récupéré le virus par le frotti nasopharyngé, on le met dans un tube qui contient une solution qui stabilise le virus et on l’envoie au labo. Ensuite on réalise une PCR. Alors on entend PCR, qPCR ou encore RTqPCR, on va expliquer tous ces termes un à un.
Tout d’abord la PCR. C’est une technique qui permet de produire un grand nombre de copies d’une séquence d’ADN qui nous intéresse. On parle d’amplification de la séquence.
Au cours d’une PCR, on sépare les deux brins d’ADN (on parle de dénaturation), puis on va coller des petites séquences qu’on appelle des amorces et qui vont encadrer la séquence d’intérêt. Ces amorces se collent par complémentarité, on dit qu’elles s’hybrident, l’une sur le premier brin et l’autre sur le 2eme brin. Ensuite, on déclenche une réaction de polymérisation, c’est-à-dire que l’on fabrique littéralement 2 nouveaux brins d’ADN, identiques en séquence aux brins d’origine.
A ce stade, on a fait un premier cycle de PCR. Ensuite, il suffit de répéter l’opération un certain nombre de fois. Au cours du deuxième cycle, on resépare les brins mais cette fois on en a quatre. On hybride donc 4 amorces et on polymérise. Au troisième cycle, on a 8 brins, 8 amorces et ainsi de suite. On remarque qu’à chaque nouveau cycle, on a 2 fois plus de brins qu’au cycle précédent. Si on fait 30 cycles, on aura produit 2 puissances 30 brins d’ADN. A ce stade, non seulement on a une production exponentielle d’ADN, mais les brins produits correspondent à la séquence désignée par les amorces de départ. Dans le cas du test Covid-19, la séquence choisie est spécifique du coronavirus SARS-CoV-2.
Cette technique est très efficace pour produire rapidement un grand nombre de copies d’une séquence, mais ne permet pas en l’état d’estimer la quantité d’ADN contenu dans l’échantillon de départ. Pour y parvenir, on ajoute un ingrédient qui va rendre la réaction fluorescente, donc à chaque fois qu’un brin d’ADN sera polymérisé, on pourra détecter un signal lumineux.
Un résultat classique de qPCR, ça ressemble à ça : en abscisse on a le nb de cycle qui ont été faits, en ordonnées on a la quantité de lumière détectée, et on obtient une courbe en S qui nous indique le nombre de cycle qu’il a fallu pour détecter un signal lumineux significatif.

Si on avait eu moins d’ADN au départ dans l’échantillon, on aurait du faire plus de cycles pour faire apparaître ce signal, et donc la courbe aurait eu la même forme mais aurait été décalée vers la droite. C’est comme ça qu’on mesure des différences de quantités entre plusieurs échantillons de départ, avec la qPCR.
Dans le cas du dépistage Covid, c’est encore plus simple puisqu’il s’agit de savoir si oui ou non il y a du matériel génétique viral dans l’échantillon.
Si la personne est infectée, du virus sera présent dans l’échantillon, et la séquence génétique virale sera amplifiée par la PCR. Donc on détectera un signal. Si au contraire la personne n’est pas infectée, il n’y aura pas de matériel génétique à amplifier et donc pas de courbe de signal. Le test sera donc négatif.

Pourquoi les lettres RT sont devant qPCR ?

Pour expliquer cela, il faut d’abord dire que le matériel génétique du coronavirus, ce n’est pas de l’ADN mais de l’ARN. C’est le cas pour bien d’autres virus. L’ARN c’est une molécule très proche de l’ADN, qui contient la même information génétique mais qui va avoir des fonctions différentes dans la cellule. On en produit tous. Mais l’ennui avec l’ARN c’est qu’on ne peut pas l’amplifier par PCR, il faut absolument de l’ADN. Donc il faut au préalable convertir l’ARN en ADN. Cette étape s’appelle la reverse transcription, RT.
Voici comment détecter la présence du coronavirus par la méthode de RTqPCR. Mais il existe une autre manière de dépister cette maladie. Récemment la haute autorité de santé à donner un avis favorable pour le dépistage par test antigénique. Ce type de test, appelé test immunochromatographique, va utiliser des anticorps spécifiques pour détecter des protéines du virus en question. On utilise donc la réaction anticorps-antigène – l’antigène étant la protéine virale – pour détecter la présence du virus. Ce type de test et très bien connu et utilisé pour d’autres applications, l’exemple le plus commun est le test de grossesse. Ce test est moins spécifique que celui de la PCR, c’est pour cela que la PCR reste aujourd’hui le test de référence, mais il présente quand même des avantages. 1- il est plus facile à faire et ne demande pas d’être effectué en laboratoire, donc permet de désengorger un peu les labos dans des périodes où l’on pratique des tests en masse. 2- il est beaucoup plus rapide car on a le résultat en 30 minutes. 3- il permet donc de savoir rapidement chez un patient à risque par exemple, présentant des symptômes, de savoir s’il faut le prendre en charge tout de suite ou pas. Il peut aussi être utilisé pour détecter des clusters dans des zones à risque, car il permet d’avoir des résultats rapides sur un très grand nombre de personnes à la fois. Enfin il se pratique comme le premier test, à partir d’un prélèvement nasopharyngé.

Olivier Roca, fondateur de Sharpen Picture
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